Почему Вы не продаете ПДУ и какой пульт я смогу использовать для управления компьютером.

- Вы можете приобрести и использовать любой, понравившийся Вам пульт ДУ. ИКП RedRay понимает и обучается командам с любого пульта.

Почему по команде ShutDown компьютер не выключается, а уходит на перезагрузку. Используется программа SlyControl.

Это происходит только под ОС Windos 9x. Для устранения проблемы в скрипте shutdown.scs нужно вызывать
ShutDown ("PowerOFF", "FORCE")
или
SHUTDOWN ("SHUTDOWN", "FORCE")
в скрипте shutdown.scs эта команда встречается в двух местах

Чем отличается версия Lite от Std ? Какова разница в качестве работы?

В версии Std - декодирование сигнала происходит внутри самого ИК приемника. Там установлен микропроцесор, который распознает тип модуляции и выдает код, соответствующий коду нажатой на ПДУ клавиши.
В версии Lite этого не происходит - сигнал с ПДУ передается в ПК. Распознованием занимается программа, которая запущена на ПК, например, SlyControl или Girder.

Если оценивать качество работы по 10-бальной шкале, то
10б. - версия Std.,
8б. - Lite.
Для конечного пользователя разница не ощутима.